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PC-MYB基因的同源性分析

時間:2019-06-10 19:31來源:畢業論文
基于氨基酸序列與基于CDS序列所構建的系統發育樹基本相似,只是在一些小的分支及支持率上有所差別。同屬及同科的物種均較好地聚在了一起,說明PC-MYB基因在屬內及科內的保守性

摘要:PC-MYB參與了細胞的分化、細胞周期的調節、激素和環境因子應答,并對植物葉片等器官形態建成具有重要的調節作用。本論文采用生物信息學的方法,在NCBI上搜索獲得PC-MYB的潛在同源序列共16科28屬35種,對這些序列進行了序列比對及系統發育樹構建,結果表明,基于氨基酸序列與基于CDS序列所構建的系統發育樹基本相似,只是在一些小的分支及支持率上有所差別。同屬及同科的物種均較好地聚在了一起,說明PC-MYB基因在屬內及科內的保守性。36157
畢業論文關鍵詞:MYB;同源序列比對;生物信息學
MYB gene families homology analysis
Abstract: PC - MYB involved in the regulation of cell differentiation, cell cycle, hormones and environmental factors, and the plant leaves, such as organ formation plays an important role in regulating.This paper adopts the method of bioinformatics, search for the PC - MYB on NCBI. Total 35 homologous sequences representing 35 species in 28 genera, 16 families were downloaded in our analyses.We did alignment based these sequences,and used MEGA to infer phylogenetic relationships. Our results revealed that minor differences in clades and support values were found between aa-based tree and cds-based tree. Species from the same genus or family were monophyletic, suggesting the PC-MYB was conservation in the genus and family level.
Keywords: MYB ;Homologous sequence alignment ;bioinformatics
目    錄

摘要    1
引言    1
1材料和方法    2
1.1 材料來源及序列    3
1.2 生物信息學分析軟件    3 源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live
2結果與分析    4
2.1研究的植物    4
2.2同源序列的堿基和氨基酸數目的統計    6
2.3 PC-MYB的同源性分析    6
2.4 PC-MYB氨基酸、編碼序列同源性對比    11
3討論與結論    12
參考文獻    13
致謝    15
PC-MYB基因的同源性分析
  引言:
轉錄因子通常也成為反式作用因子, 它調節生物體內基因的表達并且通常至少含有兩個功能域:一個是DNA結合域,另一個是轉錄激活/抑制域,它們共同作用調控目的基因在生物體內的表達。MYB是最大的轉錄因子家族成員之一。MYB基因序列在1941年從引起禽急性成髓細胞白血病AMV和E26中成功鑒定出來。K.lempnauer[1]等又從禽成髓細胞瘤病毒中鑒定出一個comman transforming的基因,稱為v-myb癌基因。后來發現,動物細胞中也存在相應的原癌基因c-myb,而且具有調節細胞增值和分化作用的 c-myb的等位基因A-myb和B-myb已從人類腫瘤細胞中被成功鑒定出來。玉米的Clorless1(C1)是植物中第一個被分鑒定的轉錄因子,隨后,許多植物如棉花、大豆、煙草、擬南芥、蘋果和白菜等物種中也鑒定出MYB蛋白的同源的蛋白[2-3]。截止2008年 11 月,NCBI中正式登錄的MYB基因已達2397條。目前,人們對MYB已有了一定的認識,但了解還非常有限,尤其是植物中存在大量的MYB轉錄因子還尚未被鑒定出來。從而,從植物中發現更多MYB則是人類當前的追求目標。 Riechmann[4]和Stracke等[5]曾經利用生物信息學的方法在擬南芥中發現了125個R2R3-MYB家族的基因成員。后來, Dias等[6]對R2R3-MYB基因家族在植物中的進化關系進行了研究。Zimmermann等[7]對MYB在擬南芥整個基因組中的分布進行了研究。Jiang等[8]對擬南芥和水稻的MYB基因結構進行了研究,認為不同亞類間的內含子和外顯子的結構不一致,但在亞類內有相同的基因結構。Chen等對擬南芥MYB基因家族進行了進化和表達分析,發現MYB的相關蛋白在進化上更古老,而且變化非常迅速。 PC-MYB基因的同源性分析:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190610/34500.html
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