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擬南芥二酰甘油酰基轉移酶AtDGAT基因的生物信息學分析

時間:2019-05-27 13:10來源:畢業論文
擬南芥二酰甘油酰基轉移酶(AtDGAT)是一種完整的內質網細胞微粒體酶,其主要機制是使二酰甘油加上脂肪酸酰基輔酶A,以共價鍵結合形成三酰甘油

摘 要:擬南芥二酰甘油酰基轉移酶(AtDGAT)是一種完整的內質網細胞微粒體酶,其主要機制是使二酰甘油加上脂肪酸酰基輔酶A,以共價鍵結合形成三酰甘油。三酰甘油是植物油脂的主要化學成分,由甘油上的三個羥基與脂肪酸分別通過酯化作用連接而成。本文利用生物信息學方法和技術,對擬南芥DGAT基因進行分析,以了解其結構和功能信息。結果表明DGAT蛋白被分為三大類,取每一類的一種代表進行分析,選擇的三類DGAT蛋白的二級結構均以α螺旋為主,無規則卷曲和β-轉角相對比例較少。其中對蛋白序列AAF19262.1同源建模、Ramachandran圖檢測表明此模型結構符合立體化學規則。35772
畢業論文關鍵詞:二酰甘油酰基轉移酶(DGAT);擬南芥;生物信息學;結構預測;油脂合成
Bioinformatics Analysis of Diacylglycerol
Acyltransferase (AtDGAT) gene in Arabidopsis Thaliana L
Abstract: DGAT (acyl-CoA: diacylglycerol acyltransferase; EC 2.3.1.20) is a kind of transmembrane enzyme that acts in the final and committed step of TAG synthesis, and it has been proposed to be the rate-limiting enzyme in plant storage lipid accumulation.Triacylglycerides (TAGs) are a class of neutral lipids that represent the most important storage form of energy for eukaryotic cells. This paper, by using bioinformatics methods and techniques, we analyzed the sequences of AtDGATs , and predicted the relationship between the gene structure and function. The result showed that AtDGATs were clustered into 3 groups. The secondary structure of them was mainly random coil, moreover, the proportion of extended strand and beta angle was less.The tertiary structure of AAF19262.1 was gotten, which meets the rule of stereochemistry in the figure of Ramachandran . 源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live
Key words: Diacylglycerol Acyltransferase(DGAT); Arabidopsis thaliana; Bioinformatics; Structure prediction; Lipid biosynthesis
目    錄

摘要    1
引言    2
1.材料和方法    2
1.1材料來源    2
1.2擬南芥DGAT蛋白生物信息學分析    2
2. 結果與分析    3
2.1擬南芥DGAT蛋白的獲取和進化分析    3
2.1.1擬南芥DGAT蛋白序列獲取    3
2.1.2擬南芥DGAT蛋白序列進化分析    3
2.2生物信息學分析    7
2.2.1 基本理化性質分析    7
2.2.2 蛋白質跨膜區、亞細胞定位    8
2.3 擬南芥DGAT蛋白二級結構預測分析    10
2.3.1 擬南芥DGAT蛋白二級結構及保守域分析    10
2.3.2 蛋白紊亂區、球蛋白區預測    10
2.4蛋白質三級結構的預測分析    11
2.4.1蛋白質三級結構的預測    11
2.4.2擬南芥DGAT蛋白基因結構與定位分析    12
2.5 擬南芥DGAT蛋白電子表達分析    12
3. 結論與討論    14
參考文獻    15
致 謝    17
擬南芥二酰甘油酰基轉移酶(AtDGAT)基因的生物信息學分析
引言
 油脂是人類的重要食物之一,也是制藥、化妝品以及肥皂、乳化劑、潤滑劑等化工產品的原料。全球經濟發展使能源需求日益增加,隨著石油資源日趨耗盡,雖然從原料到發動機上應用還有許多問題有待解決,但植物油脂作為生物燃料原料的可能性逐漸受到人們重視[1]。

源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live


植物油脂的生物合成包括脂肪鏈的合成、終止、釋放、脫落和甘油三酯的合成、多不飽和脂肪酸的形成、脂質體形成等過程[2]。合成后的植物油脂主要有兩個去向:一是用于構成生物膜的甘油酯和磷脂;另一種是貯存在種子中,即貯存油脂 [3]。植物油脂主要以三酰甘油(TAG)的形式貯存在種子或果實中,葉片和其它營養組織中也少量存在。三酰甘油是甘油酯,骨架是甘油,是高效的碳源和能量的儲存形式。從植物進化的角度來看,油脂有利于滿足種子萌發及后續幼苗生長對物質和能量的需求[4]。因此植物中的油脂合成途徑和調控機制受到廣泛關注。研究表明,油脂合成涉及到眾多酶基因和調控基因的協同表達,及其在質體、內質網、細胞質等亞細胞結構之間的有序反應和轉運。二酰甘油酰基轉移酶(DGAT)是催化TAG生物合成的限速酶,催化二酰甘油(DAG)與脂肪酸酰基反應形成TAG的過程,是一種完整的內質網細胞微粒體酶,該酶的主要機制是使二酰甘油加上脂肪酸酰基輔酶A以共價鍵結合形成三酰甘油[5,6]。在植物中,到目前為止共發現3類DGAT基因亞家族,包括DGAT1、DGAT2和DGAT3亞家族[7]。 擬南芥二酰甘油酰基轉移酶AtDGAT基因的生物信息學分析:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190527/33878.html
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