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油菜TFIIIA型鋅指蛋白的挖掘與鑒定

時間:2019-05-21 12:58來源:畢業論文
真核生物轉錄因子大致分為鋅指蛋白、螺旋轉角螺旋、螺旋環螺旋和堿性亮氨酸拉鏈四個類型。鋅指蛋白分為C2H2、C2C2、C2HC、C2C2C2C2和C2HCC2C2五個亞類。植物的TFIIIA型鋅指蛋白屬于C2H2型轉

摘  要:真核生物轉錄因子大致分為鋅指蛋白、螺旋轉角螺旋、螺旋環螺旋和堿性亮氨酸拉鏈四個類型。鋅指蛋白分為C2H2、C2C2、C2HC、C2C2C2C2和C2HCC2C2五個亞類。植物的TFIIIA型鋅指蛋白屬于C2H2型轉錄因子,含有保守的QALGGH區,參與植物的生長發育和逆境脅迫應答。通過分離和鑒定非生物脅迫誘導的基因,并對這些基因功能的深入研究逐漸形成了一個比較詳細的脅迫信號轉導的網絡體系。本研究以擬南芥TFIIIA型鋅指蛋白(AT1G72050.2)為模板,采用生物信息學的方法,在NCBI上對于油菜區域內進行同源分析,結果獲得27條同源序列,對27條序列與AT1G72050.2進行序列對比,相似性達到了24%-82%,其中相似性高于28%且覆蓋模板序列46%以上的同源序列共12條,其氨基酸序列長度374-1325 aa不等,基因外顯子數6-10個,按照保守結構域不同將12條序列分為3大類,其中第一大類含9條序列,與擬南芥模板保守序列相同。均有COG5408保守結構域。35621
畢業論文關鍵詞:油菜,TFIIIA型鋅指蛋白,生物信息學分析
Mining and Identification of Rapeseed TFIIIA Type
Zinc Finger Protein
Abstract: the eukaryotic transcription factors roughly pided into zinc finger protein, helix-turn-helix, alkaline leucine-zipper four types. the zinc finger protein were pided into four subtype including C2H2 zinc finger, C2C2, C2HC, C2C2C2C2 and C2HCC2C2, Plant type TFIIIA belong to C2H2 zinc finger protein transcription factors, contains conservative QALGGH area, involved in plant growth and  response to stress. By isolation and identification of gene induced by abiotic stresses, and further studying their function, a relatively detailed stress signal transduction network system gradually were formed. In the paper, A protein sequnence from Arabidopsis thaliana, named TFIIIA type zinc finger protein as a template, protein-blast was performed,using NCBI database to obtain homology sequences in  rapeseed, we found 27 homologous sequences, the similarity between the 27 sequence and tmplete, of twelve sequence have over 28% similarity and the Query coverage is higher than 46%, article 12, their protein sequence length were different from 374 aa to 1325 aa, and hver 6-10 exons in gene sequence, according their domain, they were grouped three types, the first group include 9 sequences, they all have COG5408 conserved domain similar to tmplete sequence from Arabidopsis thaliana L. 源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live
Key words: Rapeseed, TFIIIA type zinc finger protein, Bioinformatics analysis
目    錄
摘  要     1
Abstract    1
引  言    2
1.材料和方法    3
1.1油菜TFIIIA型鋅指蛋白家族序列來源    3
1.2基因結構、基因定位信息    3
1.3分子量、等電點和保守結構域和亞細胞定位    3
1.4進化分析    3
2.結果與分析    4
2.1油菜TFIIIA型鋅指蛋白基本信息    4
2.2油菜TFIIIA型鋅蛋白家族的保守結構域分析     5
2.3油菜TFIIIA型鋅指蛋白家族成員的序列比對與進化     6
3.討  論    7
參考文獻    9
致    謝    12
油菜TFIIIA型鋅指蛋白的挖掘與鑒定引言
甘藍型油菜(Brassica napus L.),甘藍型油菜是三種油用油菜(白菜型油菜、芥菜型油菜、甘藍型油菜)中籽粒產量最高的種類,目前在我國長江中下游流域大量種植,是我國重要的油料作物。優勢利用優質育種結合起來,但因育種方法不當或未找到理想的種質,至今進展不大。植物在生長發育過程中往往會遭受干旱、高鹽及低溫等非生物脅迫,植物在適應這些脅迫過程中產生了一系列從細胞到生理水平的應答反應,這些反應往往是通過基因表達的變化實現的。甘藍型油菜中TFIIIA型鋅指蛋白含有保守的QALGGH區,參與植物的生長發育和逆境脅迫應答,對油菜的生存和生產能力有很重要的意義。因此研究甘藍型油菜中TFIIIA型鋅指蛋白,對其進行挖據和鑒定有極其重要的價值。擬南芥屬于十字花科,廣泛用于植物遺傳學、發育生物學和分子生物學的研究,是一種典型的模式植物。利用擬南芥中已命名的AT1G72050.2 TFIIIA型鋅指蛋白為模板,采用生物信息學的方法,分析相關的理化信息和基因信息,通過同源序列的比對和進化樹的構建,綜合分析出甘藍型油菜TFIIIA型鋅指蛋白的進化歷程。對以后的甘藍型油菜TFIIIA型鋅指蛋白的研究奠定基礎。 油菜TFIIIA型鋅指蛋白的挖掘與鑒定:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190521/33654.html
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