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致病菌RXLR效應蛋白的序列特征與功能位點預測

時間:2019-04-27 20:06來源:畢業論文
以致病菌為研究對象,利用生物信息學手段剖析了RXLR效應蛋白的系統進化關系,保守基序,功能結構域,并且對其功能位點進行了預測。結果表明:106種RXLR效應蛋白被分成了7類群

摘要:效應蛋白是小的分泌蛋白,它由寄生生物遞送至植物的質外體空間細胞質。植物病原細菌,真菌和卵菌在感染期間全部使用效應蛋白。植物與病原菌相互對抗的過程中,病原菌會分泌一些蛋白到寄主細胞中。這些蛋白質被命名為效應蛋白(AVR),它們能夠通過多種方式來抑制植物免疫反應,協助病原菌成功侵染植物。本研究以致病菌為研究對象,利用生物信息學手段剖析了RXLR效應蛋白的系統進化關系,保守基序,功能結構域,并且對其功能位點進行了預測。結果表明:106種RXLR效應蛋白被分成了7類群,即Avr1a、Avr1b、Avr2、Avr3a、Avr3b、Avrblb1和Avrblb2類群;這106種效應蛋白都含有RXLR保守基序,其中有一些蛋白除了RXLR基序以外還有其他的功能結構域;RXLR效應蛋白的保守性很明顯。34983
畢業論文關鍵詞:效應蛋白; 致病疫霉菌; RXLR基序; 序列特征; 功能位點
Pathogenic Bacteria RXLR Effector Protein Sequence Characteristics and Function of Site Prediction
Abstract:Pathogen effectors are small secreted proteins delivered by parasites to either the apoplastic space or the cytoplasm of plant cells. Plant pathogenic bacteria, fungi and oomycetes all use effector proteins during infection .During Plants and pathogen against each other in the process, some pathogenic bacteria secrete proteins into the host cell. These proteins known as protein (AVR) effector, can restrain plant immune response through a variety of ways, to help the pathogen infect plants successfully. In this study, we select RXLR effector proteins of Pathogens as the research object , using bioinformatics methods to analyze the phylogenetic relationship of RXLR effect protein, conservative motif, function structure domain, and the projections for its functional sites. The results showed that 106 species of protein RXLR effect were pided into 7 groups (Avr1a group, Avr1b group, Avr2 group, Avr3a group, Avr3b group, Avrblb1 group, Avrblb2 group). All of the 106 kinds of effector proteins contain RXLR conservative motif, some of which posseses other structural domain besides RXLR base sequence. The conservatism of the protein RXLR effect is obvious. 源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live
Key words: Effect of protein, Phytophthora infestans, RXLR motif, Characteristics of Sequence, Functional sites
 目    錄

摘要    1
引言    2
1 數據與方法     4
1.1 數據來源與序列檢索    4
1.2 序列比對與聚類分析    4
1.3 RXLR蛋白保守基序分析    4
2 結果與分析    4
2.1致病菌RXLR效應蛋白序列的鑒定    4
2.2 致病菌RXLR效應蛋白基因的系統進化關系    5
2.3 致病菌RXLR效應蛋白保守基序組成模式    6
2.4致病菌RXLR效應蛋白功能結構域    8
2.5 致病菌RXLR效應蛋白的功能位點預測    8
3 討論與結論    10
3.1進化樹與保守基序模式    10
3.2效應蛋白功能結構域與功能位點預測    10
4展望    11
參考文獻    12
致謝    13
致病菌RXLR效應蛋白的序列特征與功能位點預測
引言
研究表明,效應蛋白不僅能在生理、代謝機制上控制植物氣孔開閉、抑制胼胝質沉積、抑制ROS產生以及HR超敏反應,還在分子、生化機制上調控寄主細胞相關基因表達、 分子模擬調控各種信號通路、阻斷 MAPKs 通路等[1-3]。效應蛋白在被植物識別的情況下也被稱為無毒蛋白,它是植物病原菌在與寄主植物相互作用過程中分泌的、可被植物(NBS-LRR)抗性蛋白特異識別、兼具毒性與無毒功能的蛋白質分子。根據對植物NBS-LRR抗性蛋白的功能分析及其在植物細胞中的定位,目前認為細胞質是效應物蛋白與抗性蛋白直接或間接結合互作的場所。病原菌效應蛋白是具有多結構域、多功能的分泌蛋白,在病原菌與植物互作過程中扮演著不可忽視的重要的角色。 致病菌RXLR效應蛋白的序列特征與功能位點預測:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190427/32720.html
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