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哺乳動物Prx蛋白家族的鑒定與適應性進化分析

時間:2019-04-14 13:39來源:畢業論文
研究哺乳動物PRX蛋白家族的聚類分析,以及相關的蛋白序列特征和系統進化關系,PRX蛋白家族具有較強的保守性,基于這些研究,為其結構以及功能的研究提供有利的材料,做出相關的

摘要:本文以哺乳動物PRX基因為對象,探究該基因家族的序列特征、選擇壓力以及系統進化關系,為闡明哺乳動物PRX起源以及進一步探索其功能提供理論基礎。對至少15個物種進行物種抽樣,并且以PRX基因為研究對象,下載相關序列;利用生物信息學手段分析PRX基因或蛋白的序列特征,并詳細剖析這些基因的選擇壓力和系統進化關系。哺乳動物PRX蛋白家族至少包含六大類,即Prx Ⅰ~Ⅵ,Prx蛋白家族的進化度相對比較保守,屬于非適應性進化。本文著重研究哺乳動物PRX蛋白家族的聚類分析,以及相關的蛋白序列特征和系統進化關系,PRX蛋白家族具有較強的保守性,基于這些研究,為其結構以及功能的研究提供有利的材料,做出相關的貢獻。34530
畢業論文關鍵詞:哺乳動物;蛋白家族;適應性進化;過氧化物還原酶
Analysis of Adaptive Evolution and Appraisal of Mammals Prx Protein Family
Abstract: This article take mammalian PRX gene as target, and explore the gene sequence features,select and phylogenetic relationships pressure to provide a theoretical basis for elucidating the origin of mammals PRX and further explore its features.For PRX gene from at least 15 species sampled species, study and download the related sequences, using bioinformatics method to analyze gene or protein sequence characteristics PRX, and to test selective pressures and phylogenetic relationship. Mammal PRX protein family includes six categories, Prx Ⅰ ~ Ⅵ, evolution of Prx protein family is relatively conservative, and is non-adaptive evolution.This article focuses on mammalian PRX protein family clustering analysis, and protein sequences related characteristics and phylogenetic relationship, PRX protein family has a strong conservative, based on these studies, the studies of their structure and function provide favorable the material, to make the relevant contribution. 源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live
Key words: mammals,Protein family,adaptive evolution,Peroxiredoxin
目    錄

摘要    3
引言    2
1 數據與方法    3
1.1 物種抽樣與序列下載    3
1.2 序列比對與聚類分析    3
1.3亞群水平上的蛋白序列分析    3
1.4亞群水平上的系統進化分析    4
1.5亞群水平上的選擇壓力檢測    4
2 結果與分析    3
2.1 哺乳動物Prx家族基因的鑒定    4
2.2 哺乳動物Prx家族基因的聚類分析    4
2.3 哺乳動物Prx家族亞類群蛋白的序列特征    6
2.4 哺乳動物Prx家族亞類群蛋白的系統進化關系    7
2.5 哺乳動物Prx家族亞類群蛋白的正選擇位點    7
3 討論與結論    8
參考文獻    9
附錄    10
致謝    12
 哺乳動物Prx蛋白家族的鑒定與適應性進化分析 引言
過氧化物還原酶 (Peroxiredoxin, Prx)是一種廣泛存在于生物體中的表達譜廣泛的一類新的抗氧化蛋白家族。1988年,Kim首次在釀酒酵母中發現了Prx蛋白,Prx蛋白是一類不含硒且依賴于巰基的蛋白酶,其作用的機理通常是,清除生物體內的過氧化氫和其他一些由活性氧形成的自由基,從而實現細胞的抗氧化[1]。已有研究發現,Prx過氧化物還原酶在自然界中普遍存在:在動植物、原生動物、酵母、細菌、寄生蟲、甚至古細菌中都含有該酶,因此,Prx在進化上屬于一類高度保守的蛋白[2]。而且所有的Prx都具有著共同的催化機制,Prx由于一個具有氧化還原性的半胱氨酸,進行兩步反應:首先,過氧化半胱氨酸攻擊過氧化氫,自身發生去質子,于此同時其被氧化成半胱氨酸次硫酸(Cys-SOH);第二步反應是半胱氨酸次硫酸的分解,首先縮合形成二硫鍵,再被細胞中特異的二硫鍵還原酶還原成初始的狀態,就完成了催化反應的循環[3]。Prx作為一類抗氧化酶,其廣為熟悉的功能是消除體內由于脅迫產生的過多自由基,從而保護機體細胞免受氧化損傷[4]。除此之外,Prx還可通過調節過氧化氫(作為一種信號分子)的濃度調控信號轉導通路,從而增強自然殺傷細胞活性,調節細胞增殖、分化和凋亡的功能。而且也有研究表明,在生物體處于細菌、病毒入侵等極端情況下時,會促使Prx基因轉錄活性的加強,于此相應蛋白大量的表達[5]。 哺乳動物Prx蛋白家族的鑒定與適應性進化分析:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190414/32053.html
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