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呼倫貝爾高原鹽湖嗜鹽細菌多樣性分析

時間:2019-04-07 09:13來源:畢業論文
基于16S rRNA基因,通過PCR擴增技術對提取所得的呼倫貝爾高原鹽湖水樣的總DNA擴增,再采用454高通量測序的方法進行測序,利用群落生態學與微生物的方法結合分析測序所得的結果

摘要:本次論文中的實驗研究是基于16S rRNA基因,通過PCR擴增技術對提取所得的呼倫貝爾高原鹽湖水樣的總DNA擴增,再采用454高通量測序的方法進行測序,利用群落生態學與微生物的方法結合分析測序所得的結果,將測序結果與silva數據庫進行序列比對后能進一步得到呼倫貝爾高原地區鹽湖湖水樣品中的嗜鹽細菌的生物多樣性等生態學特征。其中,以海拉爾鹽湖為呼倫貝爾高原地區鹽湖的代表,經過統計分析得到嗜鹽細菌有效序列為9903條,優化序列為8320條,有1325個OUT。對湖水樣品中嗜鹽菌進行分析,以門這個單元為分類單元,所得的8320個優化序列可依次歸入13個門中,在這個分類單元上樣品中最大的優勢種是變形菌門(Proteobacteria);其次是占優化序列總數32.08%的擬桿菌門(Bacteroidetes),在科以及種分類單元下對優化序列進行分析,占優勢地位的科與種分別只有5種和6種,在每個分類單元下都有大量序列屬于未知序列或沒有被分類的序列,說明在呼倫貝爾地區的海拉爾盆地內的鹽湖中,已知的細菌數目比較少,更多的嗜鹽菌種類還需要后人來進行研究,因此研究呼倫貝爾高原鹽湖湖水中的嗜鹽細菌多樣性可以補充完善我國的高原鹽湖中的微生物物種資源,同時本次實驗所用的研究方法也可以為以后的實驗研究做一個參考。34324
畢業論文關鍵詞:極端嗜鹽菌;微生物多樣性;16S rRNA基因法;454高通量測序;呼倫貝爾高原鹽湖
Analysis of Halophilic Bacteria Diversity in Hulun Buir Plateau Salt Lake,China
 Abstract: The experimental study is based on 16S rRNA genes,and use the PCR  technology to obtain the  DNAs  from Hulun Buir Plateau Salt Lake, then through 454 pyrosequencing test the sequencing of samples. Among of  the results,take Hailar Salt Lake on behalf of the Hulun Buir Plateau Salt Lake.On the earth, from the sample, obtained 9903 valid reads, 8320 trimmed reads., and 1325 operational taxonomic units (OTUs). The bacterial community in the sample was dominated into 13 phylums ,in the phylums,The main categories is Proteobacteria(Proteobacteria);
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the second is Bacteroidetes (Bacteroidetes). In each level has a large number of sequence belongs to the sequence of unknown sequences or not to be classified. Research the halophilic bacteria persity in the Hulun Buir Plateau Saline Lake can complement the plateau microbial species of salt lake resources of our country. On the other hand,the method to research the species of Hulun Buir Salt Lake can be good case for study of microbial species later。
Keywords:  16S rRNA gene;HaloBacteria; microbiology persity; 454 pyrosequencing; Hulun Buir Plateau Salt Lake
目錄
引言    1
1材料與方法    2
1.1研究材料    2
1.1.1采樣地點    2
1.1.2 采樣地點描述    2
1.1.3 實驗研究中的樣品采集    2
1.2 研究方法    3
1.2.1提取樣品的宏基因組DNA    3
1.2.2宏基因組DNA完整性的檢測    3
1.2.3 16S rRNA 基因的PCR擴增    3
1.2.4 PCR產物膠回收    4
1.2.5 產物熒光定量    4
1.2.6 對定量后的樣品進行454測序以及對相關數據進行處理    4
1.3  對測序所得到的數據的分析    4
1.3.1 統計實驗獲得的有效序列數據    4
1.3.2 統計去雜處理之后的優化序列數據    5
1.3.3 對OTU分類單元的分析    5
2結果與分析    5
2.1 對經測序所得數據的處理和分析    5
2.2 嗜鹽細菌多樣性指數與豐度分析    5 呼倫貝爾高原鹽湖嗜鹽細菌多樣性分析:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190407/31794.html
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