畢業論文

打賞
當前位置: 畢業論文 > 生物論文 >

花馬池鹽湖嗜鹽細菌多樣性研究

時間:2019-04-07 09:11來源:畢業論文
利用PCR擴增技術對花馬池鹽湖鹵水中提取的嗜鹽細菌(halobacteria)總基因序列進行擴增,最后采用454高通量測序手段對16S rRNA基因序列測序,將測序結果與NCBI數據庫進行序列比對

摘要:本實驗研究利用PCR擴增技術對花馬池鹽湖鹵水中提取的嗜鹽細菌(halobacteria)總基因序列進行擴增,最后采用454高通量測序手段對16S rRNA基因序列測序,將測序結果與NCBI數據庫進行序列比對,利用微生物分類學方法獲得花馬池鹽湖鹵水中嗜鹽細菌多樣性特征。經測序統計分析獲得了26698個優化序列和207個OTU。所測的嗜鹽細菌序列可歸入10個門,15個綱,31個目,56個屬。從花馬池嗜鹽細菌群落組成分析發現,在門水平上, 24.12%屬于厚壁菌門,是已知門類中的優勢菌群,其次20.01%是變形菌門。在綱水平上,芽孢桿菌綱(Bacilli)和變形菌綱(Gammaproteobacteria)是該環境中的優勢菌綱,分別占總數的23.06%、19.42%,其次是放線菌綱(Actinobacteria)和纖維粘網菌綱(Cytophagia),分別占總數的5.24%,4.50%。在目水平上,乳酸桿菌目(Lactobacillales)、假單胞菌目 (Pseudomonadales) 和 著色菌目(Chromatiales)是已知目類中的優勢菌群,分別占總數的20.75%、7.58%和5.86%。在屬水平上,乳球菌屬(Lactococcus)占優勢,大約占序列總數的18.81%。樣品中有多達44.45%序列尚未分類到屬級分類單元。34323
畢業論文關鍵詞:454高通量測序;嗜鹽細菌;多樣性;鹽湖;16S rRNA
The Research of Halophilic Bacteria Diversity in  HuaMaChi  Salt Lake
Abstract: The experimental study of halophilic bacteria using PCR amplification of  total gene sequences , using 454 high-throughput sequencing methods to detect the 16S rRNA gene sequences. After searching in NCBI database, using taxonomic methods to analyse halobacteria persity of Huamachi salt lake. The final statistical analysis for the 26698 optimization sequence and 207 OTU . The sequence of halophilic bacteria can be classified as 10 phyla, 15 classes, 31orders, 56 genera. The environmental advantages of microflora are the Firmicutes, Proteobacteria, Bacilli, Gammaproteobacteria, Lactobacillales, Pseudomonadales , Lactococcus ,respectively, of the total sequence of  24.12%, 20.01%, 23.06%, 19.42%, 20.75%, 7.58%, 18.81% . On the level of genus, Up to 44.45% Sequence of samples have yet to be named.

源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live


Keywords: 454 sequencing; halophilic bacteria ; persity ; salt lake; 16S rRNA
目錄
引言    1
1 材料與方法    2
1.1實驗材料    2
1.1.1樣地概況    2
1.1.2獲取水樣    2
1.2具體實驗流程    2
1.2.1宏基因組DNA提取    2
1.2.2 宏基因電泳檢測與分析    2
1.2.3 設計并合成引物接頭    2
1.2.4 16S rRNA基因的PCR擴增和產物純化    3
1.2.5 PCR擴增產物定量和均一化—熒光定量    3
1.2.6 454 pyrosequencing測序    3
1.3測序數據處理與統計    3
1.3.1 有效序列數據處理與統計    3
1.3.2優化序列數據處理與統計    3
1.4 分類單元OTU統計與分析    3
1.5 群落組成分析    4
2實驗結果與數據分析    4
2.1 454測序結果    4
2.2 嗜鹽細菌的豐度對比    4
2.3嗜鹽細菌的多樣性指數分析    5
2.4嗜鹽細菌多樣性特征分析    6
2.4.1嗜鹽細菌在門水平上的多樣性分析    6
2.4.2嗜鹽細菌在綱水平上的多樣性分析    7
2.4.3嗜鹽細菌在目水平上的多樣性分析    8
2.4.4嗜鹽細菌在屬水平上的多樣性分析    10
3.討論    12
致謝    13
參考文獻    13
引言 花馬池鹽湖嗜鹽細菌多樣性研究:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190407/31793.html
------分隔線----------------------------
推薦內容
双色球走势图带连线