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禾本科TCP基因家族的生物信息學分析

時間:2019-04-04 20:45來源:畢業論文
在NCBI網站在線blast搜索得到TCP基因家族潛在的同源序列28條,我們進一步通過構建系統發育樹來分析同源性序列間的系統發育關系,結果表明,PCF-1, PCF-2及TCP-9同屬于TCP基因家族,卻具有

摘要:TCP基因家族轉錄因子是植物所特有的一種轉錄因子,對植物的生長發育以及各種植物的生理生化反應的信號傳導有著重要作用。
本文在NCBI網站在線blast搜索得到TCP基因家族潛在的同源序列28條,我們進一步通過構建系統發育樹來分析同源性序列間的系統發育關系,結果表明,PCF-1, PCF-2及TCP-9同屬于TCP基因家族,卻具有不同的來源。禾本科的PCF-1與PCF-2分別聚在了不同的分支,且支持率高。金魚草的CYC基因作為外類群,單獨形成了一個分支,但支持率低。34210
畢業論文關鍵詞:禾本科;TCP基因家族;生物信息學
Gramineae TCP bioinformatics analysis of gene families
Abstract:Characteristic of the TCP transcription factor gene family is a kind of transcription factor,on plant growth and development as well as a variety of plant physiological and biochemical reaction of signal transduction play an important role.
  In this paper,TCP gene families in NCBI website online blast search article 28 potential homologous sequences,we further the phylogenetic tree is constructed to analyze the phylogenetic relationship between homologous sequences,the results show that the PCF-1,PCF-2,TCP-9 and both belong to the TCP gene families,have different sources.Gramineae and PCF-1,PCF-2 respectively in the different branches,and high popularity.Snapdragon CYC genes as outside groups,separately formed a branch,but low approval ratings.
Key words: gramineae; TCP gene families; bioinformatic
目    錄

摘要    1
引言    1
1 TCP基因家族研究進展    2
1.1 TCP基因家族的命名    2
源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live

1.2 TCP的結構域    2
1.3 TCP基因家族的分類    2
1.4 TCP基因功能    3
1.4.1 調控花對稱性發育    3
1.4.2 控制葉片的發育    3
1.4.3 控制側芽生長以及雄花形成    4
2 生物信息學研究    4
2.1 生物信息學的發展    4
2.2 生物信息數據庫    4
3 材料與方法    5
3.1 生物信息學分析軟件    5
3.2 數據庫的搜索    5
3.3 構建系統發育樹    5
4 結果與分析    6
4.1 數據統計    6
4.2 高等植物進化樹圖分析    7
4.2.1 PCF-1基因的氨基酸和CDS同源序列分析    10
4.2.2 PCF-2基因的氨基酸和CDS同源序列分析    11
5 討論與結論    12
參考文獻    13
致謝    14
禾本科TCP基因家族的生物信息學分析引言
TCP結構域是由60左右個氨基酸組成的,可以形成bHLH的結構域。根據TCP結構域特征可以將其分為classI和classII兩類。TCP轉錄因子對植物因子和植物特異的形態性形成起到非常重要的作用,特別涉及到花的不對稱性和頂端優勢。目前對于TCP基因的研究主要集中在花輻射對稱和兩側對稱的植物。而本文主要是對禾本科植物TCP基因家族進行生物信息學分析。首先采用NCBI在線BLAST探索同源序列,然后采用Bioedit/clustalW軟件將同源序列進行比對,對同源序列進行生物信息學分析,最后采用MEGA構建NJ樹,及采用PHYLIP軟件構建ML樹。

源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live


1 TCP基因家族研究進展
1.1 TCP基因家族的命名
1996年,羅達等人在金魚草(Antirrhinum majus)中找到了決定花對稱性發育的分子機理,并且克隆了Cycloedea(Cyc)和Dichotama(Dich)這些與花對稱性相關的基因,第二年,Doebley 等人在玉米中發現了Teosinte Branched(TB1),TB1是一種決定頂端優勢的基因,同年,Kosugi等人克隆了水稻中Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA)基因中的PCF1和PCF2基因,而TCP基因的命名就源自于玉米的Teosinte Branched(TB1)基因和金魚草Cycloidea(CYC)基因以及水稻的Proliferating Cell Factors land2(PCF1 and PCF2)基因的英文首字母[1]。在TB1基因、CYC基因以及PCF1和PCF2這四個基因中,玉米的TB1基因的作用主要表現為通過抑制雄花原基發育調控雄花的形成以及抑制側生分生組織生長發育來影響頂端優勢,金魚草的CYC基因的主要作用是控制著花的對稱性發育,而水稻的PCF1和PCF2基因的主要作用則是促進著分生組織的PCAN基因的啟動子的特異性表達。 禾本科TCP基因家族的生物信息學分析:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190404/31664.html
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