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DEP基因在禾本科類群中的同源分析

時間:2019-04-04 20:44來源:畢業論文
以水稻DEP1及DEP2基因為研究對象,利用生物信息學方法,搜索其潛在同源序列,進一步分析這些序列的結構及系統進化關系。結果表明:DEP1與DEP2基因具有不同的起源

摘  要:水稻直立密穗基因DEP能使稻穗變密、枝梗數增加、每穗籽粒增多。本研究以水稻DEP1及DEP2基因為研究對象,利用生物信息學方法,搜索其潛在同源序列,進一步分析這些序列的結構及系統進化關系。結果表明:DEP1與DEP2基因具有不同的起源;基于氨基酸及CDS序列構建的系統發育樹表明,禾本科物種在不同的系統發育樹上均形成單系,說明DEP基因在禾本科進化的保守性,為進一步研究DEP基因在禾本科物種中的生物學功能提供研究基礎。34209
畢業論文關鍵詞: DEP;生物信息學;同源性分析
 DEP gene homology analysis in Poaceae groups
Abstract:Erect dense panicle rice gene DEP influences the spikes dense, branch numbers  and grains per panicle. This study focused on the DEP1 and DEP2 genes, using bioinformatics methods. We searched potential homologous sequences of DEP, and constructed the phylogenetic realtionships of these sequences.The results showed that the DEP1 with DEP2 genes with different origins. Based on amino acid and CDS sequence, our Poaceae was monophyletic in different phylogenetic trees, suggesting the conservation of the DEP gene in Poaceae. Our resutls provided research foundation for further study the biological functions of DEP in Poaceae.
Key words:Dense and erect panicle;Bioinformatics;Homology analysis
目    錄
摘 要    1
引 言    1
1.材料和方法    2
1.1 材料來源及序列    2
1.2 生物信息學分析軟件    4
源¥自%六^^維*論-文+網=www.aftnzs.live

       1.2.1 采用NCBI在線BLAST探索同源序列 4
       1.2.2 采用Bioedit軟件將同源序列進行比對 4
       1.2.3 采用MEGA構建NJ樹 4
2.結果與分析    5
2.1 DEP1和DEP2的同源性搜索    5
2.2 DEP1和DEP2的同源性分析    6
      2.2.1 水稻DEP1和DEP2的信息位點數目 6
      2.2.2水稻DEP1蛋白的同源性比對 7
       2.2.3水稻DEP1的CDS同源性比對 .8
      2.2.4水稻DEP2蛋白的同源性比對.8
      2.2.5水稻DEP2的CDS同源性比對 9
      2.2.6水稻DEP1蛋白的NJ樹 .10
      2.2.7水稻DEP1的CDS的NJ樹.10
      2.2.8水稻DEP2蛋白的NJ樹 11
      2.2.9水稻DEP2的CDS的NJ樹.13
3.討論與結論    14
參考文獻    15
致    謝    17
DEP基因在禾本科類群中的同源性分析 引言
 水稻DEP是一個控制穗型、增強植株分生組織能力,縮短花序節間距離,增加穗粒數,從而提高水稻產量的重要基因。目前在我國東北和長江中下游地區大面積種植的直立和半直立穗型的高產水稻品種都含有突變的DEP1基因,表明DEP1基因已在我國水稻的增產中發揮了關鍵作用[1]。為了驗證DEP 基因在其他禾本科作物中的功能,利用RNAi干涉沉默普通小麥Ta-DEP1基因,結果使小麥的穗變稀,穗粒數減少。小麥穗的疏密、穗粒數的多少是決定小麥產量的重要因素,因此證明DEP 基因不只在水稻的增產中發揮重要的作用,在小麥中也具有相似的功能。小麥單位面積產量由穗數、穗粒數和千粒重共同決定的。產量三因素的構成受區域、栽培條件和品種特性的影響, 增加穗粒數往往會導致穗數的減少,而千粒重的增加則是相對獨立的[2], 它主要取決于特定地區的灌漿期和品種的灌漿速度等。大麥、普通小麥和烏拉爾圖小麥中 DEP1 基因都有 C 末端的缺失, 下調 TaDep1 使小麥穗子變長, 小穗密度下降和小穗數減少, 說明功能突變發生在小麥和大麥系的分化之前[3]。 DEP基因在禾本科類群中的同源分析:http://www.aftnzs.live/shengwu/20190404/31663.html
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